U zatočeništvu, i dalje strogo izoliran, razvija apostolat pisanja. Napisao je na tisuće stranica propovijedi i drugih duhovnih sastavaka. Uputio je mnogim biskupima, svećenicima i vjernicima više od 5000 pisama od kojih je sačuvano oko 700. U pismima, kao čovjek žive vjere i nepokolebljive nade te potpunoga predanja Bogu, naslovnike hrabri, tješi i potiče, osobito na ustrajnost u vjeri i u crkvenom jedinstvu. I u tim pismima, kao i na suđenju i u cijelom zatočeništvu pokazuje iskrenu ljubav i prema onim osobama koje su ga progonile i nepravedno optuživale. Molitva za neprijatelje i praštanje svima stalna je tema njegovih izjava i pisama kao i triju oporuka.
Od proljeća 1953. godine kobno su se razvijale, već od Lepoglave, "policitemia rubra vera", tromboza nogu i bronhijalni katar. Bio je potreban sustavne bolničke njege, premda su liječnici, strogo kontrolirani od režima, činili sve što su mogli. Odbijao je svaku povlasticu liječenja koja bi mogla značiti da je pokleknuo pred nepravednim sucima i pred režimom te tako pokolebati kler i druge ljude u vjerničkoj izdržljivosti. Tako su sve teži bolovi postali dio njegova zatočeničkog života, ali je on to strpljivo podnosio sve do smrti.
Sveto je umro 10. veljače 1960. još za vrijeme izdržavanja nepravedne kazne. Umro je kako se to u mučeničkom rječniku kaže "ex aerumnis carceris" - od "zatvorskih tegoba", ali moleći za progonitelje i s Gospodinovim riječima na usnama: "Oče, budi volja tvoja!"
